Vamos lá?

# Verificando o hostname atual
hostname

# Verificando a resposta pelo nome
ping "Resultado_do_comando_hostname"

# Verificando a consulta reversa
nslookup "Resultado_do_comando_ping_nome_fqdn"

# Verificando Floresta/Dominio as funcoes FSMO
netdom query FSMO

# Verificando o Registro do Computador no AD DS
netdom computername "Resultado_do_comando_ping_nome_fqdn" /verify

# Alterando o nome do computador
netdom computername "Resultado_do_comando_ping_nome_fqdn" /add:"novo_nome_computador_fqdn"

# Registrar o computador como Primary DNS
netdom computername "Resultado_do_comando_ping_nome_fqdn" /makeprimary:"novo_nome_computador_fqdn"

# Reboot no server para gravar as informações
shutdown /r /t 0

# Remocao dos registros antigos no servidor
netdom computername "novo_nome_computador_fqdn" /remove:"Resultado_do_comando_ping_nome_fqdn"

# Para conferir as alterações precisamos efetuar os testes com os comandos já utilizados acima
hostname (para verificar se nome do computador foi alterado com sucesso)
ping (resposta do nome do computador)
nslookup (verificar se o nome aponta para o IP correto)
netdom query FSMO (funcoes do servidor se estao as mesmas antes da alteracao)

# Verificando o registro antigo no DNS
dnscmd /zoneprint "Resultado_do_comando_hostname_atualizado" | findstr "Resultado_do_comando_hostname_maquina_antiga"

# Este podemos deletar através da ferramenta de DNS do próprio Windows Server 2008 R2

Com isso não tive problemas no Active Diretory e nem em resolução de nomes de máquinas dentro do dominio.